Βιοχημεία - Αρχές Βιοτεχνολογίας (Εργαστήριο)

Γεώργιος Κ. Παπαδόπουλος.

Παρασκευή Μπέζα.

Το μάθημα έχει ως αντικείμενο την εκμάθηση από τους φοιτητές των βασικών και απαραίτητων εργαστηριακών τεχνικών βιοχημείας-εισαγωγικής βιοτεχνολογίας. Θα γίνουν τα παρακάτω εργαστήρια:

Εργαστήριο 1: απεικόνιση μικρών μορίων και μακρομορίων
Εργαστήριο 2: ρυθμιστικά διαλύματα αμινοξέων
Εργαστήριο 3: μέτρηση συγκέντρωσης πρωτεϊνών
Εργαστήριο 4: αλκαλική φωσφατάση
Εργαστήριο 5: όξινη φωσφατάση
Εργαστήριο 6: καταλάση, υπεροξειδάση
Εργαστήριο 7: απομόνωση DNA

            Καλώς ορίσατε στο Εργαστήριο Βιοχημείας-Αρχών Βιοτεχνολογίας. Αυτό το εργαστήριο αποτελεί συνέχεια των εργαστηρίων Βιολογίας και Γεωργικής Χημείας του προηγούμενου εξαμήνου. Μερικά πράγματα αξίζουν υπενθύμισης:

1. Η Βιοχημεία αφορά τις χημικές διεργασίες που λαμβάνουν χώρα μέσα στους ζωντανούς οργανισμούς, καθώς και κάθε άλλη χημική διεργασία που χρησιμοποιούμε για να κατανοήσουμε τι συμβαίνει μέσα στους ζωντανούς οργανισμούς. Η Βιοτεχνολογία είναι ο τρόπος με τον οποίο μπορούμε να εκμεταλλευτούμε διεργασίες των ζωντανών οργανισμών για μαζική παραγωγή επιθυμητών προϊόντων. Επομένως, το σχετικό εργαστήριο αφορά χημεία, και ισχύουν ΟΛΟΙ οι κανόνες ασφάλειας και σωστής πρακτικής, που εφαρμόσαμε το προηγούμενο εξάμηνο.
2. Για αυτό τον λόγο αναρτούμε στην ιστοσελίδα και πάλι τους κανόνες διεξαγωγής των πειραμάτων που θα ακολουθήσουν.
3. Περιμένουμε από όλους τους φοιτητές να έρχονται με την εργαστηριακή τους μπλούζα. Διαφορετικά θα παίρνουν απουσία.
4. Το εργαστήριο αυτό το εξάμηνο είναι δίωρο. Οπότε θα πρέπει να έχετε σωστή προετοιμασία κυρίως διαβάζοντας την άσκηση που θα είναι αναρτημένη στην ιστοσελίδα του εργαστηρίου.
5. Γίνεται κάθε προσπάθεια ώστε οι διαλέξεις στη θεωρία να συμβαδίσζουν με τις ασκήσεις του εργαστηρίου. Η παρουσία σας λοιπόν στις διαλέξεις μόνο βοήθεια μπορεί να σας δώσει.
6. Ξεκινάτε τώρα ένα ταξίδι στη μαγεία των ζωντανών οργανισμών. Απολαύστε το, ώστε να σας γίνει εργαλείο για τη καλύτερη και αποτελεσματικότερη αντιμετώπιση των βιοχημικών και βιολογικών ζητημάτων που θα προκύψουν σε άλλα μαθήματα, καθώς και μετέπειτα στην επαγγελματική σας ζωή.

Α. ΒΙΒΛΙΑ: Ένα εκ των 1./2. θα χορηγηθεί μέσω του Συστήματος Εύδοξος

1.* Jeremy M Berg, John L Tymoczo, Lubert Stryer, ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ, 5^η έκδοση, Α τόμος, Παν/κές Εκδόσεις Κρήτης, Ηράκλειο, 2004. Βλέπε και διαδικτυακό τόπο του βιβλίου www.whfreeman.com/Berg7e/

2.# Διαμαντίδη Γρ., ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ, 3^η έκδοση, University Studio Press, Θεσσαλονίκη, 2007/2010.

3. Campbell NA, Reece JB. Βιολογία, τόμος Ι. 8^η έκδοση, Πανεπιστημιακές Εκδόσεις Κρήτης, Ηράκλειο, 2010.

Τα βιβλία 1. και 3. πιο πάνω,  έχουν ελεύθερη πρόσβαση σε όλες τις διαφάνειές τους στην ιστοσελίδα του εκδότη.

1.http://www.cup.gr/%CE%92%CE%99%CE%9F%CE%A7%CE%97%CE%9C%CE%95%CE%99%CE%91-%CE%B5%CE%BD%CE%B9%CE%B1%CE%AF%CE%BF%CF%82-%CF%84%CF%8C%CE%BC%CE%BF%CF%82_p-279856.aspx?LangId=1

3. http://www.cup.gr/%CE%92%CE%99%CE%9F%CE%9B%CE%9F%CE%93%CE%99%CE%91-%CE%A4%CE%9F%CE%9C%CE%9F%CE%A3-%CE%99_p-279715.aspx?LangId=1

4. Γ. Μουρκίδη, Γεωργική Χημεία, Θεσσαλονίκη, 1971. Υπάρχει στη Βιβλιοθήκη του ιδρύματος.

5. Geoffrey Zubay, William Parson, Diane E. Vance. Αρχές βιοχημείας, Ιατρικές Εκδόσεις Π. Χ. Πασχαλίδης, Αθήνα 1999. Υπάρχει στη Βιβλιοθήκη του ιδρύματος.

6. David L. Nelson , Michael M. Cox. Lehninger, Principles of Biochemistry (υπάρχει και μεταφρασμένη ελληνική έκδοση) Βασικές αρχές βιοχημείας. Μεταφραστές: Κ.Ε. Σταματόπουλος, Α.Ν. Χατζηδημητρίου. Επιμελητής: Α.Γ. Παπαβασιλείου. Ιατρικές Εκδόσεις Π.Χ. Πασχαλίδης, Αθήνα, 2007. Υπάρχει στη Βιβλιοθήκη του ιδρύματος.

7. Mathews D, van Holde KE. BIOCHEMISTRY, 3^rd edition, Benjamin Cummings, Menlo Park, 2003. Υπάρχει στη Βιβλιοθήκη του ιδρύματος.

8. John Clark, Robert Switzer. ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΗ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ. Παν/κές Εκδόσεις Κρήτης, Ηράκλειο, 1992, 2^η εκτύπωση, 2001. Υπάρχει στη Βιβλιοθήκη του ιδρύματος.

9. ΙΓ Γεωργάτσου, Δ. Κυριακίδης, Τ. Γιουψάνης, κ.ά. Εργαστηριακές Ασκήσεις Βιοχημείας. Εκδόσεις Ζήτη. Θεσσαλονίκη, 2004. Υπάρχει στη Βιβλιοθήκη του ιδρύματος.

10. Οδηγός μελέτης του μαθήματος (φυλλάδιο που χορηγείται στη διάλεξη).

Β. ΙΣΤΟΤΟΠΟΙ ΓΙΑ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΕΙΣ ΤΡΙΔΙΑΣΤΑΤΩΝ ΔΟΜΩΝ ΒΙΟΧΗΜΙΚΩΝ ΜΟΡΙΩΝ (ΔΩΡΕΑΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟ ΚΑΙ ΠΡΟΣΒΑΣΗ ΣΕ ΔΕΔΟΜΕΝΑ)

1. http://www.pymol.org/         2.  http://softadvice.informer.com/Ds_Pro_Viewer_6.0_Accelrys.html      

Σχετικά απλά και διεθέσιμα δωρεάν!

3. http://www.bioclipse.net/

Πιο πολύπλοκο για όσους ενδιαφέρονται για περισσότερο εν τω βάθει ανάλυση.

4. Τράπεζα Δεδομένων Πρωτεϊνών, www.rcsb.org Περιέχει όλες τις πρωτεΐνες των οποίων η τριδιάστατη δομή είναι γνωστή σε καλή διακριτική ικανότητα, είτε μέσω κρυσταλλογραφίας με ακτίνες Χ ή μέσω πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού.

Γ. ΙΣΤΟΤΟΠΟΙ ΓΙΑ ΑΠΕΙΚΟΝΙΣΕΙΣ ΒΙΟΧΗΜΙΚΩΝ ΜΕΘΟΔΩΝ

1. http://bcs.whfreeman.com/berg7e . Επίσημη ιστοσελίδα της 7^ης αγγλικής έκδοσης του βιβλίου αρ. 1 στη βασική βιβλιογραφία, πιο πάνω. Ελεύθερη πρόσβαση σε κινούμενα σχέδια για δομές μορίων και μακρομορίων, καθώς και περιγραφή βιοχημικών τεχνικών.

Δ. ΣΥΝΑΦΕΙΣ ΙΣΤΟΣΕΛΙΔΕΣ ΓΕΝΙΚΟΤΕΡΟΥ ΕΝΔΙΑΦΕΡΟΝΤΟΣ

1. Τμήμα Χημείας, Πανεπιστήμιο Αθηνών, η χημική ένωση του μήνα

http://www.chem.uoa.gr/chemicals/chem_HOCl.htm . Έχει συσσωρευθεί πληθώρα πληροφοριών για πάρα πολλές ενώσεις, με μεγάλο ενδιαφέρον. Μπορεί να είναι λίγο νωρίς, αλλά σίγουρα από το επόμενο εξάμηνο, μια επίσκεψη σε αυτή την ιστοσελίδα 1-2 φορές κάθε εξάμηνο θα βγάλει κάποιο «λαυράκι» που θα έχει σχέση με κάποιο από τα μαθήματά σας στη κατεύθυνση!!

Ε. ΣΥΝΑΦΗ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΑ ΠΕΡΙΟΔΙΚΑ:

1. Χημικά Χρονικά

2. Journal of Chemical Education.

3. Chemistry in Britain.

4. Scientific American. Σε λίγο πιο παλιά τεύχη υπάρχει και η ελληνική έκδοση του περιοδικού αυτού, που είναι παγκοσμίου φήμης.

5. Το Περισκόπιο της Επιστήμης

6. New Scientist

Το μάθημα και εργαστήριο της Γεωργικής Χημείας, 1ου εξαμήνου.